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中国完成家蚕基因组“框架图”
来源:admin
作者:admin
时间:2003-11-16 08:01:00
我国科学家15日宣布:经过400多名科研人员5个多月的艰苦努力,我国已率先完成家蚕基因组“框架图”绘制工作。根据计算机组装和数据分析结果表明,基因组测序完成了6倍的覆盖深度,所获序列覆盖了家蚕基因组的95.54%,精确度达到了99 .95%,完全达到了高质量工作“框架图”的要求。
这是我国科学家继完成人类基因组1%测序工作、水稻基因组“框架图”和“精密图”之后,向人类贡献的第三大基因组研究成果。
中国家蚕基因组计划项目主持人、中国工程院院士向仲怀说:“我国率先向世界公布第一个家蚕基因组‘框架图',标志着我国在家蚕基因组研究方面已居世界领先地位,也是建立21世纪‘丝绸之路'的起点和里程碑。”
中国是蚕丝业的起源地。目前以现代科技为核心,以基因组研究为平台,从家蚕入手,找到并构筑一条蚕业技术的突破之路、人类对鳞翅目类农林害虫的根治之路、开发生物药品和防控人类疾病的医学健康之路为主要内容的“21世纪丝绸之路”,已成为各国蚕业科学家的共识,并为此展开了激烈的国际竞争。
西南农业大学蚕桑学重点实验室的研究人员,利用学校拥有的世界规模最大的家蚕(鳞翅目昆虫)基因库,联合中科院北京基因组研究所,于今年5月紧急启动了我国家蚕基因组计划项目。
科研人员采用目前国际先进的全基因组霰弹法测序技术,将家蚕全基因组切断为平均大小分别为2000和8000个碱基对的两个随机片段库,利用全自动DNA测序仪分别进行大规模测序,然后运用超大规模计算机对随机片段进行组装,重建家蚕全基因组序列图谱。
家蚕全基因组有4亿5千万碱基对,约为人类全基因组的七分之一,略大于水稻基因组,但科研人员仅用5个多月的时间就完成了从cDNA文库构建到测序和组装框架图的所有工作,创下了基因组研究的最快纪录,并且优化了基因组测序技术,大幅降低了研究成本,提高了工作“框架图”的质量和准确度。
有关专家介绍,“框架图”的完成只是家蚕基因组研究和开发计划的第一步,而其“精细图”预计在明年完成。科研人员将利用生物信息学的最新方法,对家蚕所拥有的所有基因进行注释,开展重要功能基因的基础和应用研究,并联合国内科研单位,组成攻关队伍,开展蚕丝产业化应用和模式昆虫、医学模式和生物工厂研究。

新闻背景:家蚕基因组“框架图”与“精细图”的区别
有关专家介绍,家蚕基因组“框架图”的完成只是家蚕基因组研究和开发计划的第一步,而其“精细图”预计在明年完成。家蚕基因组“框架图”与“精细图”有什么区别呢?
中国家蚕基因组计划项目主持人、中国工程院院士向仲怀介绍,“框架图”是相对于“完成图”或“终图”而言,但实际上,真正的“完成图”并不存在,因为它总会存在一些空隙,而“精细图”则比“框架图”更进一步,更为准确、精细。
基因组“框架图”的要点包括:测序工作量达到基因组的5倍;基因覆盖率达到90%以上,即经初步组装的“一致性”序列占整个基因组的90%以上;经初步组装的“一致性”序列中碱基的准确率达99%以上,即每一碱基出错的可能性(误差率)应低于1%。
家蚕基因组有4亿5千万碱基对,约为人类全基因组的七分之一,是果蝇基因组的3倍,略大于水稻基因组。我国科学家绘制完成的家蚕基因组“框架图”,覆盖度一次性从水稻的4.8倍提高到6倍,大大提高了“框架图”的质量和准确度,进一步展示了我国的高通量、低成本的基因测序技术,以及高性能计算的能力和软件编写上的综合实力。(完)