中国的出口退税始于1950年。当时，有关部门在制定《货物税暂行条例》及实施细则时，对出口货物退还已纳货物税作出了规定。
　　1958年，我国将商品流通税、货物税、营业税合并为工商统一税，对出口的商品不再退税，出口退税制度中止。这个时期，我国的外贸出口处在盈利阶段，退税与否主要涉及财政内部的利税转移的问题。而对于其他经济成分的企业，我国也不实行退税，只在少数企业出口亏损很大的时候，才会批准在生产缓解减免税收。
　　1973年，工商税制进一步简化，我国对进口货物不退税，对出口货物也不征税。出口盈亏由外贸部与财政部算账。
　　1983年，国务院出台《关于钟表等17种产品实行出品退免税和进口征税的通知》，开始对部分货物实行退税。
　　1985年，工商税分为产品税、增值税、营业税和盐税。同年3月，国务院批准了《关于对进口产品征、退产品税或增值税的规定》。此规定从4月1日开始实行，这标志着我国现行的出口退税制度建立。由于当时还没有实行增值税，出口产品的营业税、流转税都纳入了消费税系列，所以退税率不是很高。一直到1993年，退税率也只有11.2％。
　　1988年以前，我国只退生产缓解的增值税和最后环节的产品税。那年以后，在流转税方面实行了彻底的退税制度。
　　1994年，我国实行了大规模的税制改革，确立了增值税的主体地位。按照国家颁布的增值税条例，增值税税率是17％，出口产品实行零税率，即17％的税应该全部退掉。实际调整后的平均退税率为16.63％。从11.2％一下子提高到近17％，步子迈得很大。这一政策的出台，极大地刺激了出口企业的积极性。1994年和1995年连续两年我国的出口增长突飞猛进，增长率分别为32％和23％。这样一来，政府的退税压力一下就上来了。由于中央财政在年初预算中，定的退税“盘子”没有这么大，因此从1995年开始，中国第一次出现了欠退税现象。同时由于管理不健全，发生了很多骗退税和税收流失的情况，给国家财政造成了一定困难。
　　1996年，为了缓解财政压力，减少骗税，我国对出口退税率作了大幅度的下调，从17％一下子调到了“3、6、9”（即按不同产品分层次退税，最高退税率9％，最低退税3％），平均税率降至8.29％。从理论上来讲，大幅降低出口退税率，其实违背了出口零税率的规定，对政府来说，这么做只是暂时缓解财政压力的权宜之计。但退税率一降，企业出口积极性即严重受挫，出口形势跟着就下来了。1996年，出口增长只有1.53％。紧接着，1997年爆发了亚洲金融危机，受此负面影响，加上退税率下调，1998年我国的出口形势非常严峻，全年只增长了0.5个百分点。
　　1998年到1999年，为了减轻亚洲金融危机对外贸出口的影响，我国又多次将退税率上调。（最先恢复17％退税率的是纺织品和纺织机械）之后几年，企业出口的积极性得以提高，外贸出口增长很快，但中央财政的退税支出又重新面对越来越大的压力。于是出口退税指标成为控制该项支出的重要手段，但越积越多的出口退税的欠款又形成了中央财政的一笔隐形负债。
　　2002年初，我国对生产型企业的自营和委托出口货物和没有进出口经营权的生产企业委托出口的货物，全部实行“免、抵、退”税的办法。“免”是指对生产企业自营出口或委托外贸企业代理出口的货物，免征本企业生产销售环节增值税；“抵”是指生产企业自营出口或委托外贸企业代理出口的货物，免征或退还所耗用原材料、零部件等已纳税款抵顶内销货物的应纳税款；“退”是指生产企业自营出口或委托外贸企业代理出口货物占本企业当期全部货物销售额50％以上的，在一个季度内，因应抵顶的税额大于应纳税额而未抵顶完时，经主管出口退税的税务机关批准，对未抵顶完的税额部分予以退税。