据外经贸部配额许可证事务局、国际贸易经济合作院联合课题组透露,目前我国实施的进出口许可证制度与WTO《进口许可证程序协议》及其他相关协议的精神存在不少冲突,与国际惯例相比差距较大,没有完全体现公平、公开、合理的原则。我国加入WTO后,将从如下方面深入改革这一管理体制: 
     ——对现行许可证制度重新清理和设计。现阶段从整体框架层面对现行许可证制度重新设计,在此基础上进一步明确许可证制度的管理目的、覆盖范围、发放原则、申领资格、发证机构,以此作为许可证管理的行为准则。 
    ——进一步加快发展许可证的网上申领服务。在统一单证、统一发放的基础上,建立统一平台、统一网络,实施网上申领、网上审批、查询,推进许可证签发与管理过程中的信息化、规范化与制度化的建设。 
    ——充分发挥许可证的功能,加强各种手段的针对性。对某些敏感行业和敏感商品,以自动申领、自动登记的自动进出口许可证取代目前的审批制;对的确需要实行数量限制的许可证管理商品,配额数量的确定和控制要力求准确、科学、合理;对某些商品特别是农产品和资源性商品可以实行关税配额制。 
    ——统一进出口许可单证及发证机构。由外经贸部牵头,统一协调国内各部门对进出口贸易的管制行为。减少许可的单证种类,除特殊的技术类证书外,尽可能统一到WTO所允许使用的进出口许可证书上来,建立一个类似中介组织的统一的发证机构。 
    ——积极寻求收缩许可证管理覆盖范围后的代措施。有关部门可考虑建立一个全国性机构,协调外经贸部、海关、国家质量技术监督局等各有关部门采取的配额许可证替代措施。 
    ——积极寻求有关国家的配合性贸易限制措施。参照其他国家特别是市场经济比较发达国家的做法,运用大买家的影响力,努力推动其他国家在某些商品上“自愿”限制对我国出口,从外界配合我国对相关商品的贸易调控。 
    ——增加许可证管理的透明度。增加决策过程许可证管理制度和具体操作程序的透明度。 
    据介绍,我国现行的出口许可证制度相对较完善,但以国际通行的做法衡量,存在着一些亟待解决的问题。如,目前我国只对少数几种商品实行配额招标,招标的种类和数量少,不具有普遍性,对现行配额体制无法形成足够的影响;配额招标速度严重滞后;公开招标的投标资格存在一定的问题,使一些中标配额不能有效使用,或使用效率低下;协议招标中,中标价格和中标数量的确定违背了非歧视的原则等等。进口许可证制度的适用范围也主要为拥有外贸进出口权的企业,并不考虑申领者的实际需求和实际业绩,而WTO《协议》规定只要符合进口成员方的法定条件,任何个人、企业和机构均可成为进口许可证申请者;WTO规则所允许的自动许可制度尚未建立和实施,配额管理行政色彩浓厚,公开性和透明度不够。